Дай SQL с който избираш съобщенията. Защото май ти не взимаш всички съобщения в базата.
Опитай със заявка " SELECT COUNT(*) as cnt FROM `message_table` WHERE `read`=0 AND user_id=1
Тоест да вземеш всички писма, които не са прочетени и ако cnt е 0 значи всичко е прочетени, ако е по-голямо, това е броя на непрочетените