Сега видях, че твоя микроконтролер няма JTAG интерфейс.
По някакъв начин трябва да прехвърлиш байнърито върху uC-то. Това при AVR става обикновено с ISP протокола (In System Programmer). За целта ти трябва съответния програматор. Примерно атмеслкия
AVRISP mkII. Или аз примерно си бях направил един програматор през SPI на Raspberry Pi. Ако се разровиш из нета ще намериш
схема и за ардуино.
Следваща стъпка е дебъването, или on device debugging. При твойто MCU може да ползваш само debugWIRE интерфейса му. През него IDE-то прави връзка с микроконтролера, чете му паметта и може да слагаш breakpoints, да четеш и пишеш в регистри и тнт. За целта естествено е необходим и хардуер, който никак не е евтин. Едно от най-евтините решения е
AVR dragon, който е комбиниран ISP/debugWIRE/JTAG.