Темата е малко стара, но реших да отговоря защото мисля че пак може да помогне на някой.
Мисля че това с личните съобщения може да стане лесно.
Правиш една таблица със следните колони: from, to, message, read, id
Като на from ще се попълва от кой е ЛС-то, на to за кого е, message съобщението, read ще е валута 1 или 0 в зависимост дали е прочетено и id който всеки знае за какво ще е.
За получаването на съобщения в потребителския панел правиш една заявка от този вид:
mysql_query("SELECT * from `messages` where to='".$uinfo -> get('id')."'")
//=======
.$uinfo -> get('id').
Това е ако uinfo е клас от който вземаш информацията за потребителя и get е метода който я извлича и return-ва.
Може да си направиш и секция изпратени само че вместо where to трябва да е where from.
Мисля че го обясних достатъчно просто за да може да се разбере от всеки.